Основные научные интересы посвящены изучению геномики, эволюции и экологии зоонозных вирусов в природных резервуарах. С использованием современных технологий полногеномного анализа (NGS) проведены масштабные фундаментальные и прикладные исследования более 80 видов (8 семейств) зоонозных и зооантропонозных вирусов, циркулирующих на территории России и сопредельных стран;
– Открыты новые виды и роды зоонозных вирусов, включая патогенные для человека, проведена оценка их потенциальной угрозы для биобезопасности страны. Разработаны молекулярно-генетические тесты для их мониторинга и быстрой диагностики;
– На основе генетических исследований внесен существенный вклад в разработку проблемы появления, эволюции и распространения вирусов, передающихся членистоногими переносчиками (арбовирусов);
– Выявлены геномные и эволюционные факторы патогенности отдельных групп артеривирусов и наировирусов, вызывающих геморрагические лихорадки человека и животных;
– Впервые обнаружены и описаны новые виды коронавирусов (названные Хоста-1 и Хоста-2), родственные вирусу, вызвавшему пандемию КОВИД-19, и циркулирующие среди летучих мышей на юге России; изучены их генетические и биологические свойства. Исследуются механизмы преодоления вирусами межвидового барьера, приводящие к появлению новых коронавирусных инфекций человека.